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传统抗蛇毒血清需要数月(shùyuè)时间，依赖动物免疫，而如今，诺奖团队开发(kāifā)的 AI“蛋白质设计师”只需几秒钟的时间去(qù)定制设计一款蛋白。

这项突破不仅让抗蛇毒血清(xuèqīng)的耐热性突破 78℃、成本直降 90%，更预示着(zhe)人类正式进入“AI 造药”新时代。

蛋白质是生命活动的“全能选手”，从细胞结构(jiégòu)到免疫防御(fángyù)，全靠它“撑场子”。虽然由(yóu) 20 种氨基酸通过肽键连接形成，但排列组合方式多到“爆炸”！

如果考虑所有可能(néng)的氨基酸排列方式，理论上，蛋白质的种类几乎是无限的。仅(jǐn) 100 个氨基酸的链条，就能拼出 20*100 种可能，比宇宙原子总数还多(duō)！虽然蛋白质的种类几乎无穷，但它们(tāmen)都由 20 种基本氨基酸按照不同顺序和组合方式构成。

生物体内的蛋白质(dànbáizhì)种类受基因编码的限制，例如人类基因组大约(dàyuē)编码 2 万种蛋白质，而通过剪切、翻译后修饰等机制，最终可能形成几十万种功能各异的蛋白质。不同物种(wùzhǒng)、不同细胞类型甚至相同细胞在不同状态下(xià)，都可能表达出不同的蛋白质组合。

蛋白质(dànbáizhì)设计就是利用(lìyòng)科学方法让氨基酸(ānjīsuān)以不同的(de)排列方式“定制”蛋白质，使其具备特定的结构和功能。就像用不同的积木搭建出独特的模型，科学家根据需求排列组合氨基酸，从而创造新的蛋白质。借助计算机模拟和人工智能，我们(wǒmen)可以更精准地预测和优化蛋白质结构，让它们更稳定、更高效地完成目标任务。

最近科学家通过 AI 设计(shèjì)“抗蛇毒蛋白”，仅用几秒钟就(jiù)可以完成人类百年抗蛇毒的问题。

“慢”！“贵”！“难(nán)”！

据 WHO 统计，全世界每年有 540 万人被蛇咬伤，约 13 万人死于蛇咬伤，因(yīn)蛇咬伤截肢等(děng)造成残疾的人数大约是 39 万人。蛇毒中的毒性成分进入人体后，会(huì)迅速对(duì)人体的神经系统、心血管系统、凝血系统以及各类细胞等造成损伤。

全世界(quánshìjiè)每年约有 540 万人被蛇咬伤。图库版权(bǎnquán)图片，转载使用可能引发版权纠纷

正常情况下，免疫(miǎnyì)系统对于曾经接触过的病原体能快速(kuàisù)做出反应，但绝大多数人在被蛇咬之前并没有接触过蛇毒。所以，被蛇咬后人体自身的免疫防御很难马上(mǎshàng)起效，往往需要借助外部的抗蛇毒血清等治疗手段来尽快中(zhōng)和蛇毒，避免蛇毒对身体造成更严重的伤害。

然而，世界上许多(xǔduō)地区都存在严重的抗蛇毒血清不足。

首先，需要从毒蛇体内提取出毒液，再(zài)将少量毒液注射到马或羊等动物的体内，诱导免疫反应的产生。经过(jīngguò)多次免疫后，再从动物体内采集血液，分离出血清，即可获得有效(yǒuxiào)的抗蛇毒血清。

一套流程下来，耗时数月，成本高昂，同时不同(bùtóng)地区的蛇种不同，毒液(dúyè)成分差异大，传统血清难以覆盖所有蛇毒。

传统的抗蛇毒血清制备过程(guòchéng)。图片来源：参考文献[1]

AI 出手(chūshǒu)，抗蛇毒血清更加有效

近年来，针对传统(chuántǒng)抗蛇毒血清制备方法的改进研究取得了显著进展，尤其是人工智能(réngōngzhìnéng)（AI）与(yǔ)计算机辅助设计技术的融合为抗蛇毒血清研发带来了新的突破。

2025 年，美国华盛顿大学蛋白质设计研究所的(de) David Baker 团队(tuánduì)在《自然》（Nature）杂志发表重磅研究。

他们(tāmen)开发的 RFdiffusion 深度学习方法，可以(kěyǐ)模拟出对一种广泛存在于蛇毒中(zhōng)的小型蛋白毒素(dúsù)——三指毒素，具有高亲和力和高特异性的结合蛋白。另外，通过计算设计出的抗蛇毒蛋白具有高热稳定性，可通过微生物发酵策略大规模(dàguīmó)生产，和传统血清制备技术比起来，极大地降低了生成成本。

发表(fābiǎo)在《自然》杂志上的研究。图片来源：参考文献[3]

RFdiffusion 可以生成具有特定功能的(de)蛋白质结构，其(qí)工作原理可以分为几个部分：

数据训练：通过分析大量已知蛋白质结构，模型掌握了(le)蛋白质形成的(de)规律。

结构生成：从随机初始化的蛋白质状态出发(chūfā)，逐步调整氨基酸残基的位置(wèizhì)，最终生成稳定的三维结构。

功能(gōngnéng)优化：通过多轮生成与优化，模型逐步调整蛋白质原子的位置，使其从最初的无序(wúxù)状态演化为符合生物学规律的稳定构象。

Diffusion 模型(móxíng)的蛋白(dànbái)设计过程。图片来源：参考文献[2]

研究(yánjiū)以 α-眼镜蛇(yǎnjìngshé)毒素和 IA 型细胞毒素为例，这两种毒素均属于(shǔyú)三指毒素，其分子结构就像三只手指一样从中央的核心区域伸展(shēnzhǎn)出来，但它们的长度、氨基酸构成和空间构象都不同，导致毒性机制和引发症状各异。

α-眼镜蛇毒素(dúsù)：主要(zhǔyào)作用于神经系统，阻断神经信号传递，导致肌肉麻痹。

IA 型细胞毒素：通过与细胞膜(xìbāomó)的脂质双层相互作用(xiānghùzuòyòng)，破坏细胞膜稳定性，引发组织坏死和炎症反应。

基于(jīyú)人工智能的抗血清蛋白设计思路。图片来源：参考文献[3]

那 AI 是如何精准(jīngzhǔn)设计抗毒蛋白呢？

在研究中，三指毒素的(de)边缘(biānyuán) β-链是其与受体或抗体相互作用的关键部位，其表面氨基酸决定了毒素的特异性和亲和力。比如，α-眼镜蛇毒素的边缘 β-链结构，能精准结合人体烟碱型(xíng)乙酰胆碱(yǐxiāndǎnjiǎn)受体，阻断神经信号传递。

研究团队采用“分子互补”策略，以 α-神经毒素(shénjīngdúsù)和 IA 型(xíng)细胞毒素为目标毒素，使用 RFdiffusion 模型为目标毒素的(de)边缘 β-链(liàn)设计出几何互补的 β-链蛋白，通过空间位阻阻止(zǔzhǐ)毒素与受体结合，这就像给一半残缺的镜子，通过科学手段做成互补的另一半。

具体来说，研究团队将目标毒素的(de)晶体结构输入 RFdiffusion 模型，模型依据输入信息和学习(xuéxí)到的蛋白质(dànbáizhì)结构规律，调整氨基酸残基的排列，促使生成的结构朝着与目标毒素 β-链互补匹配，并(bìng)形成稳定的 β-折叠(zhédié)的方向发展，最终构建出与目标毒素互补结合的蛋白质骨干结构。

这种设计使抗毒蛋白能紧密结合毒素，阻断其(qí)与生理受体的相互作用，从而中和毒性(dúxìng)。

人工智能设计的抗血清蛋白的实验性能(xìngnéng)表征。图片来源(láiyuán)：参考文献[3]

我们上面提到过，蛋白质的功能依赖于其特定的三维(sānwéi)结构，而高温会破坏其内部的氢键、范德华力等分子间作用力，导致(dǎozhì)蛋白质变性，如鸡蛋加热(jiārè)后凝固。

与传统抗体相比，AI 设计(shèjì)的抗毒蛋白展现出卓越的热稳定性：耐受 78°C 以上高温，远超传统抗体的耐热(nàirè)极限。常温下长期(chángqī)稳定，减少对冷链运输和储存的依赖，尤其适合热带地区使用。

从理论奠基到(dào) AI 革命

蛋白质设计领域经历了从理论萌芽到人工智能驱动的跨越式发展(fāzhǎn)，这一历程堪称现代生物技术的典范(diǎnfàn)。

20 世纪中期，Christian Anfinsen 提出的"氨基酸序列决定蛋白质三维(sānwéi)结构(jiégòu)"假说，为计算蛋白质设计奠定了理论基础。随着计算方法的进步，Rosetta 软件的问世(wènshì)标志着蛋白质工程进入新纪元，该工具使(shǐ)科学家能够在计算机上预测并(bìng)设计稳定的蛋白质结构。

2003 年(nián)，David Baker 团队在《科学(kēxué)》（Science）杂志发表的 Top 7 蛋白研究具有里程碑(lǐchéngbēi)意义，完全人工设计的蛋白质（98 个(gè)氨基酸），并且在自然界中没有同源蛋白。这项突破首次证明计算方法可以设计具有稳定折叠(zhédié)结构的蛋白质，为从头重新蛋白质设计奠定了基础。

人工智能的(de)(de)引入彻底改变(chèdǐgǎibiàn)了蛋白质(dànbáizhì)设计领域。2020 年，DeepMind 公司的 AlphaFold 2 在蛋白质结构预测(yùcè)领域取得(qǔde)历史性突破，通过深度学习精确预测蛋白质结构，在 CASP 14 竞赛中达到了接近实验的精度。随后(suíhòu)，Meta AI 的 ESMFold 进一步加速了蛋白质结构预测，实现未知蛋白质的大规模解析，为蛋白质设计提供更丰富的数据基础。同时，生成式 AI 的引入带来质的飞跃，RFdiffusion 实现从头(cóngtóu)设计功能性蛋白质，大幅提高了蛋白质工程的可塑性和效率。

2023 年，David Baker 团队再创佳绩，进一步推进人工智能(réngōngzhìnéng)在蛋白质(dànbáizhì)设计领域的应用，开发了(le)一种基于深度学习的 AI 算法，成功从头设计出一种具有高催化活性(cuīhuàhuóxìng)和高底物特异性的人造荧光素酶(yíngguāngsùméi)。这是首次完全依赖 AI 生成全新酶类蛋白，标志着人工智能驱动的蛋白质设计从结构(jiégòu)预测迈向功能设计的关键转折点。

2024 年，瑞典皇家科学院(ruìdiǎnhuángjiākēxuéyuàn)将诺贝尔化学奖授予 David Baker，表彰(biǎozhāng)(biǎozhāng)其在计算(jìsuàn)蛋白质设计方面的(de)贡献，并将另一半授予 Demis Hassabis和 John M. Jumper，以表彰他们在蛋白质结构预测方面的突破。这一殊荣不仅是对(duì)个人成就的肯定，更是对整个蛋白质设计领域的认可，彰显了计算生物学在现代科学中的核心地位。

AI 蛋白质设计(shèjì)正在(zhèngzài)突破传统方法(fāngfǎ)的局限，大幅拓展蛋白质发现的边界。与依赖天然模板或随机突变的传统方法相比，AI 技术(jìshù)能够突破进化限制，快速生成具有全新功能的蛋白质，如人工酶、智能(zhìnéng)生物材料等。通过深度学习和生成模型的结合，AI 将蛋白质筛选与优化流程从传统方法所需的数月时间，大幅缩短至数小时或数周。

在医疗应用方面，AI 蛋白质设计展现出广阔前景。除了前文提到的抗(kàng)蛇毒血清外，这项技术还可开发抗菌、抗病毒蛋白及(jí)靶向降解工具，助力耐药性疾病和神经退行性(tuìxíngxìng)疾病治疗。

未来，AI 蛋白质设计与自动化实验技术的结合将带来更多突破。这种融合将加速蛋白质功能优化过程，推动合成生命(shēngmìng)系统的构建，为精准医疗、绿色能源(néngyuán)和合成生物学(shēngwùxué)等领域带来革命性进展。

作者(zuòzhě)丨Denovo团队